Una porzione della storica isola afferisce, per la gestione forestale, al complesso Alta Gallura-Buddusò. L'isola è interamente compresa nel Parco Nazionale dell'Arcipelago di La Maddalena, area protetta marina e terrestre di interesse nazionale e comunitario.
Il titolo di proprietà deriva storicamente da una cessione del demanio della Regia Marina all'allora Ministero delle politiche Agricole e Forestali (inizio del XX secolo) il quale lo diede in concessione all'Ispettorato Forestale di Sassari, e quindi all'Ispettorato di Tempio di nuova istituzione. Da qui, il passaggio nell'anno 2000 all'Ente Foreste della Sardegna.
L'isola fa parte dell'arcipelago della Maddalena, e con una superficie di oltre 15 kmq è la seconda per estensione dopo la Maddalena (alla quale è collegata tramite un ponte). La cima più alta, Monte Teialone raggiunge i 212 metri s.l.m.
È scarsamente popolata (si segnala la sola frazione di Stagnali).
Suolo di natura granitica, originariamente coperto da numerosi boschi (principalmente pinete) con cale sabbiose alternate da scarpate a picco sul mare.
Buona parte dell'Isola fu percorsa nel 1994 da un incendio, il cui esito ancor oggi è il degrado del bosco a gariga, con poche eccezioni rappresentate da un impianto di Pino Domestico risalente agli anni '50. Significativa è la presenza di numerosi endemismi in tutta l'isola.
Nonostante la modesta altezza dei rilievi delle singole isole dell'Arcipelago, di poco superiore a 200 m s.l.m., a Caprera si hanno ambienti tipicamente montani con forme e aspetti quasi alpestri. Le quote complessivamente modeste dei rilievi non consentono fra l'altro una stratificazione in piani di vegetazione ed in effetti si ricade sempre nelle macchie termofile di sclerofille mediterranee. Dei ginepreti simili alle abetine descritti dal gennai per l’Isola di Caprera nel secolo scorso, non rimangono
tracce significative. In effetti, i caratteri del clima e le forti limitazioni podologiche impediscono un recupero in tempi brevi dei caratteri principali del paesaggio vegetale. Rocciosità ed elevata ventosità rappresentano un limite concreto allo sviluppo di formazioni forestali: solamente in pochi luoghi dell'Arcipelago è possibile riscontrare boschi di leccio (Isola di Caprera), Ginepreti a Juniperus phoenicea evoluti (isola di Spargi), tamariceti (Santa Maria).
