La Rete Natura 2000 è composta da due tipi di aree: le Zone di Protezione Speciale (ZPS) previste dalla Direttiva Uccelli, e i Siti di Importanza Comunitaria proposti (pSIC, ovvero i siti elencati nella lista ufficiale come "zone speciali di conservazione"): queste aree possono avere tra loro diverse relazioni spaziali, dalla totale sovrapposizione alla completa separazione.
L'individuazione dei siti da proporre è stata realizzata in Italia dalle singole Regioni e Province autonome in un processo coordinato a livello centrale. Le attività svolte vanno dalla realizzazione delle check-list delle specie alla descrizione della trama vegetazionale del territorio, dalla realizzazione di banche dati sulla distribuzione delle specie all'avvio di progetti di monitoraggio sul patrimonio naturalistico, alla realizzazione di pubblicazioni e contributi scientifici e divulgativi.
La designazione delle Zone Speciali di Conservazione (ZSC)
Una volta definito l'elenco dei Siti di Importanza Comunitaria in seguito all'accordo tra la Commissione ed ognuno degli Stati membri, "lo Stato membro interessato designa tale sito come Zona Speciale di Conservazione il più rapidamente possibile e entro un termine massimo di sei anni, stabilendo le priorità in funzione dell'importanza dei siti per il mantenimento o il ripristino, in uno stato di conservazione soddisfacente, di uno o più tipi di habitat naturali di cui all'allegato I o di una o più specie di cui all'allegato II e per la coerenza di Natura 2000, nonché alla luce dei rischi di degrado e di distruzione che incombono su detti siti."
In Italia è Il Ministro dell'ambiente e della tutela del territorio, che designa, con decreto adottato d'intesa con ciascuna regione interessata, i SIC elencati nella lista ufficiale come "Zone Speciali di Conservazione".
Stato attuale
Ad oggi sono state individuate da parte delle Regioni italiane 2255 aree che, rispondendo ai requisiti della Direttiva "Habitat", sono state proposte dal nostro Paese alla Comunità Europea, come Siti di Importanza Comunitaria (pSIC).
Anche per quel che riguarda la Direttiva "Uccelli", sono stati compiuti negli ultimi anni dei significativi passi in avanti e le aree attualmente designate dal nostro Paese come Zone di Protezione Speciale (ZPS) sono 559. Nel prossimo futuro, altre aree si aggiungeranno alla lista, essendo già avviata e consolidata una fase di concertazione e collaborazione con le singole Regioni e Province Autonome.
In Sardegna sono stati individuati 15 siti ZPS che interessano una superficie di Ha 51.206, 92 pSIC su ha 426.251, per una superficie totale di ha 427.183 interessata dalla rete Natura 2000, pari al 17,7% del territorio regionale.